Bacterial community of rhizosphere associated to the annual halophyte Salicornia bigelovii (Torr.) Translated title: Comunidad bacteriana de la rizosfera asociada a la halófita anual Salicornia bigelovii (Torr.)

Abstract

The specie Salicornia bigelovii (Chenopodiaceae) is a halophyte with promising biological and commercial value as a natural resource from arid zones. However, its productivity depends on the nitrogen supply. Nitrogen fixation by bacteria associated with the roots of S. bigelovii is a determinant source of available nitrogen. However, the diversity in Salicomia's rhizosphere is unknown. In order to increase the knowledge of the bacterial diversity associated with the S. bigelovii rhizosphere, polymerase chain reaction (PCR) and single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis was performed. This study was conducted in La Paz, BCS, Mexico. A random sample of 25 S. bigelovii plants at the flowering stage was collected from 6 areas along the coastal line of La Paz Bay in the southern portion of the Baja California Peninsula. DNA extractions of bacterial DNA through amplification (PCR) of the 16S rDNA, SSCP-profiles analysis, isolation of selected bands of SSCP-profiles, cloning, and sequences were carried out. The SSCP technique reflected the bacterial composition evidencing the available diversity and also the dominant populations. The results obtained reflect the presence of Rhizobium spp. and Bacillus spp. This is the first report of these microorganisms associated with S. bigelovii, a novel halophyte crop. Further studies on diversity of the microbial community in the Salicornia bigelovii rhizosphere are required to clarify and describe this ecological association under saline conditions.

Translated abstract

La especie Salicornia bigelovii (Chenopodiaceae) es una halófita con un promisorio valor biológico y comercial en zonas áridas. Sin embargo, su productividad depende de la aportación de nitrógeno. La fijación de nitrógeno por bacterias asociadas a la raíz de S. bigelovii, es una fuente determinante para disponer de nitrógeno. Sin embargo, la diversidad de estos microorganismos en Salicornia se desconoce. Por lo anterior, el objetivo del presente trabajo consistió en conocer la comunidad bacteriana, asociada a la rizósfera de S. bigelovii, mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y la técnica de conformación polimórfica de cadena simple (SSCP). El estudio fue desarrollado en Bahía de La Paz, BCS México, mediante un muestreo al azar de 25 plantas de S. bigelovii en etapa fenológica de floración, las cuales fueron colectadas de 6 áreas del sistema costero. Se realizaron extracciones de ADN de la población bacteriana a través de amplificación por PCR del 16 S rDNA, análisis mediante SSCP, aislamiento de bandas seleccionadas de SSCP, clonación y, secuenciación. Los resultados mostraron que la técnica SSCP evidencia una diversa composición bacteriana con poblaciones dominantes de las cuales los resultados obtenidos indican la presencia de Rhizobium spp. y Bacillus spp. Este es el primer informe de este tipo de microorganismos asociados a S. bigelovii. Estudios relacionados con la diversidad microbiana en rizósfera de Salicornia bigelovii deben ser desarrollados para clarificar y describir las asociaciones ecológicas presentes bajo condiciones de salinidad.